昆明市生态环境科学研究院内设办公室、财务室、技术管理与研究室３个管理部门和湖泊水库研究中心、大气污染防治研究中心、土壤环境研究中心、生态研究中心、低碳城市发展研究中心、环境规划研究中心、环境工程技术研究中心、环境污染损害鉴定评估中心、环境系统模拟与风险评估重点实验室9个研究中心和实验室。